Atatürk’ün başkomutan olmasını sağlayan savaş Eskişehir – Kütahya Savaşlarından dolayı olmuştur. 10-24 Temmuz 1921 yıllarında alınan yenilgiler Yunan Ordusunun ülke işgalinde ileriye gitmesine sebep olmuştur. Meclis kendi kendini yönetebilme hakkını kullanarak acil kararlar alarak ordulara komutanlık yapacak birisini bulmaları gerektiğini düşünmüşlerdir. Meclis savaş dönemlerinde kararlar alarak orduların ilerlemesin sağlıyordu sınırsız yetki vererek Meclis ve Ordunun komutasına gizlice alınan kararla Mustafa Kemal’i getirmişlerdir. Başkomutanlık sıfatını vererek 5 Ağustos 1921 yılında kabul edilmiştir. Cumhuriyet tarihinde bir ilk gerçekleşerek yasama, yargı, yürütme üzerinde tek başına söz sahibi olmuştur.
Atatürk’ün başkomutan olması ile birlikte askeri dehası ve hızlıca kararlar vermesi etkili olmuştur. Çabuk kararlar alınmasından dolayı mecliste tedirginlik ve tartışmalara sebep olmasına rağmen ülkemiz işgalden kurtulmuştur.